与此同时，基隆寨内守军的无线电对讲机紧急连线澎湖的陈宇，将基隆寨当前激烈战况和危急形势详细汇报。听闻基隆寨已被舟山军重兵围攻，陈宇意识到战局形势严峻，立即命令澎湖各部预备兵力，随时准备支援基隆。同时，陈宇下令，优先稳固澎湖要地防线，以防舟山军的进一步入侵。由于局势紧急，陈宇只得加派林元仲的巡逻队在基隆周边海域警戒，企图在水上截击舟山军的后援部队。

基隆寨告急的同时，舟山军的主力水师已经突破基隆岛外围的数重防线，进入岛屿附近水域展开强力围攻。在接连的激战中，舟山军付出了一定的代价，几艘年久失修的楼船和龟甲船在炮火中严重受损，部分沉没，但整体攻势却越发猛烈。

郑广部的机枪阵地一度给舟山军造成了不小的威胁，但在弹药逐渐耗尽后，郑广意识到岛屿已岌岌可危，若继续顽抗，一旦被敌人突破阵地，守军手中的马克沁机枪将极有可能被舟山军缴获。为避免这一先进火器落入敌手，郑广忍痛作出决定，命令士兵将机枪周边的火药桶点燃，在一声震耳欲聋的爆炸声中，机枪阵地被炸得四分五裂，郑广本人也壮烈自尽。

机枪阵地爆炸后，基隆岛的防御力量明显削弱，舟山军水师趁势而上，逐步压缩岛上守军的空间。岛上守军士气动摇，而郑广的自尽则进一步影响了防御士气。至此，舟山军已基本控制住基隆岛外围，向岛中心稳步推进。

与此同时，邓荣部和李进义部在寨内经过激烈的巷战，已逐步控制住基隆寨的外围，郑庆部和叶谅部的防线逐步被压缩到核心区域。守军对讲机不断传出各处失守的消息，士兵们的战意逐渐动摇，尤其在岛上守军毁掉机枪阵地自尽的消息传回基隆寨后，不少守军意识到孤立无援，开始出现撤退之势。

基隆战役的第三阶段，舟山军已成功攻陷基隆岛的机枪阵地，而寨内守军也逐渐面临全面失守的局面。郑庆眼见火药桶的爆炸和机枪阵地的毁灭，顿时心如死灰，明白他的兄弟郑广已经壮烈殉主。眼下基隆寨周围的防线已被舟山军彻底压制，他一咬牙，决意与舟山军死战到底。

愤怒与悲痛之下，郑庆提剑冲向舟山军的先锋李进义，决心为兄弟报仇。两人激战三十合，郑庆拼尽全力，但终因技不如人，逐渐落入下风。在一轮激烈的交锋中，李进义抓住破绽，挥舞长矛突刺而出，一击命中郑庆胸口，郑庆当即力尽倒地，含恨而终。

临终前，郑庆对随从们下达了最后的命令，将基隆寨的失守消息通过无线电传回澎湖，留下了他的遗言：「死亦不辱我基隆寨，将士当自知义，不负大义。」

在郑庆战死后，叶谅作为守寨的另一指挥官，眼看郑庆已亡，形势已无法挽回。此时，正迎面遇上舟山军的邓荣部。邓荣身形壮硕高鼻深目光头纹身，手持六十斤重的回鹘大铁棍，威势惊人，俨然一个金刚战将。叶谅瞬间识破对方是舟山军的精锐大将，权衡之下自知无法取胜，且此刻舟山军主力已从北面的滩头登陆，正在基隆寨外围形成合围之势。

意识到无力回天，叶谅果断做出突围决定，迅速率领范家军残余兵力向南面突破。范家军在叶谅的指挥下强行突围，拼死击退了部分舟山军，最终带着残兵败将从基隆寨撤出，沿海岸线一路南逃，退回高雄以待时机。

与此同时，陈宇在澎湖得知基隆危急，立刻派遣海盗林元仲部前往增援。林元仲率领舰队迅速北上，途中在新竹海域遭遇舟山军海军第一旅的阮恩和赵达部队。双方在新竹外海展开激烈海战，双方舰船在海面上追逐、对射，交战中火炮轰鸣，水面激起无数水花，战况十分激烈。

就在海战进入胶着状态时，林元仲的对讲机里突然传来基隆寨失守的消息，并伴随着郑庆的遗言。林元仲听闻基隆已破，守军全军覆没，决心不再纠缠，当即下令撤退，带领残余舰队转向澎湖方向，避免在基隆战役中投入更多兵力。

在主将郑庆战死、叶谅突围后，基隆寨已失去了有效的防御指挥，留守的少数守军在舟山军的持续进攻下最终崩溃。邓荣、李进义率部清剿残余守军，迅速占领基隆寨内各要地，彻底控制了基隆寨。此时，基隆战役宣告结束，舟山军取得了基隆的全面胜利。

此役之后，舟山军在基隆一线的控制权得到稳固，为进一步深入台澎地区、发起对陈宇领地的进一步攻势奠定了战略基础。同时，郑氏兄弟的殉主消息传回澎湖后，也极大动摇了陈宇手下的士气。澎湖的陈宇意识到舟山军实力强大，防线岌岌可危，必须更加谨慎地筹谋接下来的防御部署，以应对舟山军的步步紧逼。